La prensa peruana destaca cómo Fujimori abandonó la clínica Centenario Peruano Japonesa por la noche primero sentado en silla de ruedas pero que después dejó por su propio pie, acompañado por su hijo menor, Kenji, también político. 'El chino' se levantó de la silla de ruedas para entrar en una camioneta negra y se dirigió a la residencia familar localizada en uan urbanización de lujo en La Molina, Lima.
Fujimori fue condenado a 25 años de prisión por violaciones de los derechos humanos. Pero a pesar del gran revuelo, el 59% de los peruanos de las zonas urbanas se mostró a favor de un indulto según una encuesta publicada en octubre de 2012.
En 2004, la ONG Transparency International, estimó en unos 600 millones de dólares la fortuna amasada ilegalmente por Fujimori durante los 10 años que estuvo en el poder. De este dinero, solo unos 160 millones han sido devueltos al Estado peruano a fecha de 2009.
A fines del año 2000, al verse acorralado por diversos escándalos, viajó a Brunéi para asistir a la cumbre anual de la APEC, desde donde viajó a Japón, país en el cual pretendió a los pocos días dimitir a su cargo de Presidente a través de un aparato de fax. Sin embargo, fue destituido por "incapacidad moral" por el Congreso. Gracias a su doble nacionalidad, al principio pudo evadir las acusaciones judiciales que pesaban en su contra. En noviembre de 2005, Fujimori viajó a Chile, donde fue detenido y posteriormente extraditado.
Fujimori fue condenado a 25 años de prisión por su responsabilidad en los delitos de asesinato con alevosía, secuestro agravado y lesiones graves, tras ser hallado culpable intelectual de las matanzas de Barrios Altos, en 1991, y La Cantuta, en 1992, cometidas por un escuadrón del ejército conocido como el grupo Colina, así como del secuestro de un empresario y un periodista.