Així, l'agència avaluarà les noves propostes de titulacions oficials que les universitats presentin a verificació en el Consell d'Universitats. Això és possible gràcies a l'aprovació d'un Reial decret el juliol que modifica un d'anterior i fa que l'AQU recuperi la competència d'emetre informes d'avaluació perceptius en el procés de verificació de les titulacions.
El Comissionat d'Universitats i Recerca ha comunicat a la Direcció General de Política Universitària del Ministeri d'Educació que l'AQU compleix plenament els requisits exigits per emetre els informes d'avaluació per a la verificació.
Es tracta d'una polèmica anterior a 2008, quan la Generalitat va plantejar al Govern un conflicte positiu de competències que reclamava les funcions de l'AQU en l'avaluació dels plans d'estudi i a reconèixer l'oficialitat dels títols, tal com estableix l'Estatut.
De fet, el desembre de 2007, el Govern ja va formular un requeriment sobre el Reial Decret del Govern espanyol que establia l'ordenació dels ensenyaments universitaris oficials perquè, segons ha considerat, aquest no respecta les competències de la Generalitat en avaluació i garantia de la qualitat i de l'excel·lència de l'ensenyament universitari recollida en l'Estatut, i li atribueix a l'Agència Nacional d'Avaluació de la Qualitat i Acreditació (ANECA) les funcions d'avaluació i acreditació dels plans d'estudi.