En medio de la polémica por los frecuentes retrasos en Metro y de que el Gobierno regional insinuase que se estaban produciendo sabotajes en los trenes, un informe de la Jefatura Superior de Policía de Madrid confirmó en marzo la existencia de una veintena de "averías intencionadas".
Un informe de la Jefatura Superior de Policía de Madrid confirmó a mediados de marzo la existencia de una veintena de actos de "sabotaje" en diferentes trenes de Metro, realizados "en función de los conocimientos que debe poseer" el autor por "un trabajador que preste sus servicios en la empresa, u otra contratada, debidamente identificado".

En el escrito la policía subrayó que continuaban las investigaciones sobre los hechos y que se ya habían sido remitidas a la Autoridad judicial las diligencias instruidas hasta el día 19 de febrero. Además, apuntaba que las "averías intencionadas" se habían llevado a cabo en trenes de la serie 2000 y eran de tres tipos: las causadas sobre el radio-teléfono y en las puertas con la introducción de "pegamento", que no requieren ningún conocimiento, y unas terceras que necesitan de información técnica previa.
Este anunció vino a avalar la teoría del Gobierno regional de que en los trenes del Metro se estaban produciendo sabotajes en el Metro, razón por la cual pretendían explicar las frecuentes averías que venían produciéndose en el suburbano y que estuviesen pasando "cosas raras", en palabras de la presidenta regional. Los sindicatos, por su parte, siempre negaron la relación de los trabajadores con los supuestos actos de sabotaje y las sospechas de que existieran hicieron que Metro aumentase en 100 personas sus efectivos de seguridad.

En cuanto al informe policial, ni sindicatos ni oposición consideraron que diese respuesta a las diferentes averías que se habían producido en los últimos meses en el suburbano provocando interrupciones de servicio de hasta varias horas e incluso que la Consejería de Trasportes anunciase un plan de choque en enero ante las frecuentes averías de la línea 1.
El sindicato CCOO consideró que el informe de la Jefatura Superior de Policía de Madrid, en el que se confirma la existencia de una veintena de actos de "sabotaje" en diferentes trenes del suburbano "no da ninguna respuesta" a las diferentes averías que se han producido en los últimos meses y apuntó que "la única explicación" a las averías es "que faltan 400 trabajadores para el mantenimiento de material móvil y de instalaciones".
En este sentido, el sindicato señaló que el informe policial no aclaraba las circunstancias en las que se produjo el incidente ocurrido el 8 de marzo, en el que se cayó el motor de un tren de la serie 2000 en la estación de Carabanchel, en la línea 5, así como las averías producidas en línea 6 en los trenes 5000.
Además, el sindicato aseguró que Metro de Madrid registró en 2006 un total de 23.800 averías en sus instalaciones y trenes, y las atribuyó, en su mayoría, a "la falta de mantenimiento y a la antigüedad de algunos trenes y no a sabotajes de trabajadores".

En cuanto al accidente, que provocó 12 heridos por el frenazo de un tren que había sufrido una avería, el portavoz del PSOE en la Asamblea de Madrid, Rafael Simancas, pidió a Aguirre que se disculpase con los trabajadores de metro tras conocerse el informe elaborado por Metro atribuyó dicho accidente a un fallo de los tornillos que sujetan las carcasas sobre los motores de uno de los coches.
Además, Simancas acusó a la presidenta de criminalizar a los trabajadores y dijo que "intentar justificar los centenares de averías, incidencias y de cortes que se suceden casi a diario en el Metro de Madrid con los sucesos de un corte de cable o de pegamento en un pulsador es un insulto a la inteligencia de los madrileños".
Para responder a las críticas de la falta de mantenimiento, Metro de Madrid aportó algunos datos, como que revisa 65 coches al día y una vez al mes todos los trenes son sometidos a una operación de revisión preventiva con una plantilla de 1.400 trabajadores, lo que permite un "excelente mantenimiento".