El Plan Nacional de Gestión Integrada de Recursos Hídricos, del que Panamá dispondrá a partir de 2009, contribuirá a la determinación de los balances entre la oferta y la demanda de agua dulce en la geografía nacional, que tiene metro por metro cuadrado una de las riquezas más extraordinarias del istmo centroamericano.
Desde agosto de 2007, después que los panameños aprobaron ampliar el Canal -considerado el mayor consumidor del recurso agua- las autoridades planifican racionalizarlo con el apoyo de expertos de varios países, principalmente del Instituto Mexicano del Agua. El recurso forma parte de los costos de operación del Canal. Por el que las naves pagan, pero no se ha estudiado el valor real de este elemento, ni se debería cobrarse una tasa aparte por su uso.
El uso humano del recurso no plantea problemas de cantidad, sino de calidad por la contaminación. La vertiente pacífica panameña tiene una hidrografía de las más ricas del continente, pero la deforestación, la contaminación industrial y la sedimentación atentan contra los ríos y las fuentes de agua. En la vertiente norte hay menos ríos, pero son más cortos y con mayores caídas, permitiendo la generación de energía.
Un informe de la ANAM admitió que ocho ríos están contaminados o altamente contaminados en la Ciudad de Panamá, debido a las descargas provenientes de las industrias, mientras que en el sector agropecuario se registran casos de contaminación. Panamá es el tercer país, después de Brasil y Costa Rica, en cumplir los compromisos de desarrollo de la Cumbre de Johannesburgo 2002, que plantean la adopción de sistemas de producción de aguas limpias. El Plan Nacional prevé el establecimiento de cinco regiones hídricas, sobre la base de rangos de precipitación en las cuencas, para el ordenamiento, la adecuada protección y manejo de recursos acuáticos, con objetivos de desarrollo sostenible.
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