Las investigaciones abiertas contra la clínica abortista Isadora por supuesta práctica de abortos ilegales, vulneración de la Ley de Protección de Datos Personales y tratamiento inadecuado de residuos provocaron la citación de 28 pacientes para declarar en los juzgados.
El Centro Jurídico Tomás Moro, responsable de las acusaciones contra la clínica, aclaró que las mujeres citadas como testigos "no habían cometido ningún delito", ya que, "si los análisis psicológicos fueran incorrectos, la culpa sería de la clínica". Además, defendió que se estaba protegiendo la privacidad de los testigos. Con todo, organizaciones como Izquierda Unida calificaron el proceso judicial como "caza de brujas" y acusaron al Gobierno regional de dar el visto bueno a estos hechos.
Casi un año antes, el 20 de febrero de 2007, inspectores de la Dirección General de Salud Pública y efectivos del Servicio de Protección de la Naturaleza (Seprona) de la Guardia Civil habían realizado una inspección en la Clínica Isadora, encontrando "residuos biosanitarios materiales mezclados con residuos biosanitarios humanos", según informó el Gobierno regional. El control se realizó a raíz de una denuncia del Partido Social Europeo, miembro de la plataforma La Vida Importa, donde también se encuentran colectivos como la Federación Internacional de Médicos Católicos, Hazteoir.org y Unidos por la Vida.
La portavoz de la clínica, Marisa Castro, ante las citaciones a las pacientes de la clínica, comparó el "acoso de la Consejería de Sanidad" a los sanitarios de los centros abortistas "con la persecución política sufrida por los médicos del hospital Severo Ochoa de Leganés por las supuestas sedaciones irregulares". "No se puede desprestigiar a un facultativo sin base legal", añadió.
Posteriormente, a principios de abril de 2008, fueron tres facultativos de la clínica quienes fueron llamados a declarar por el juzgado. Todos ellos se negaron a prestar declaración hasta que el juez concretara los hechos que se les imputaba, alegando falta de información sobre los mismos.
En esas fechas, además, el Ministerio del Interior anunció que había abierto una investigación sobre la actuación de los agentes del Seprona que habían practicado la inspección, aunque las conclusiones no se harían públicas hasta finalizar el proceso judicial, "para no interferir en él". El Gobierno central tomó esta decisión tras publicarse que, al parecer, los agentes habrían desobedecido la orden de un juez y ocultado información a otros dos para seguir adelante con las pesquisas.
Por otro lado, la Agencia de Protección de Datos también había abierto una investigación contra la clínica por una presunta vulneración de los deberes de seguridad y secreto, que finalmente quedó archivada el 6 de mayo de 2008.
Fue el Seprona quien alertó de las posibles deficiencias en la gestión de los residuos en la clínica, que en todo momento negó las acusaciones. El mismo día de la inspección, el Juzgado de Inspección Número 6 había archivado un escrito presentado por la Guardia Civil donde se solicitaban esas inspecciones, al no detectar indicios de delito.
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