La sentencia fue adoptada por cuatro votos a favor y tres en contra. Los magistrados discrepantes presentaron votos particulares en los que aseguran que "la falta de imparcialidad" de Garzón "contaminó toda la instrucción sin posibilidad de reparación" y reclaman que se condene a España por no garantizar a Vera el derecho a un proceso equitativo.
El Tribunal Supremo condenó en 1998 a Vera a 10 años de prisión por el secuestro de Segundo Marey, sentencia que en 2001 fue ratificada por el Tribunal Constitucional. El ex secretario de Estado de Seguridad recurrió entonces ante el Tribunal de Estrasburgo alegando la falta de independencia e imparcialidad de Garzón.
Vera argumentó esta falta de imparcialidad de Garzón por las malas relaciones que mantuvo con él cuando ambos coincidieron en el ministerio del Interior durante el periodo en que el juez ocupó el cargo de secretario de Estado para el Plan Nacional sobre Drogas y por la relación del caso con las funciones de Garzón en el ministerio.
En su sentencia, el Tribunal de Estrasburgo admite que el hecho de que Garzón retomara la instrucción del caso Segundo Marey poco después de dimitir como secretario de Estado para el Plan Nacional sobre Drogas "no respondía a la exigencia de imparcialidad". En este sentido, el dictamen señala que "no puede excluirse que el juez tuviera contactos con miembros de ciertas fuerzas de seguridad del Estado y que haya tenido conocimiento de la gestión de los fondos reservados afectados al ministerio en cuestión".
No obstante, el Tribunal de Estrasburgo resalta que la segunda instrucción del sumario del caso llevada a cabo por el magistrado del Tribunal Supremo Eduardo Móner "no se limitó a reproducir la instrucción anterior" de Garzón, sino que "representó una nueva instrucción en el marco de la cual se realizaron de nuevo la mayor parte de los actos de instrucción".
La sentencia asegura que la imparcialidad de Móner "no puede cuestionarse" y subraya que este juez "corrigió los defectos de la instrucción inicial". Por todo ello, el Tribunal concluye que no se vulneró el derecho de Vera a un proceso equitativo.
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