El ATDM ocupa la cuenca media de los ríos Jarama, Manzanares y Guadarrama dentro del territorio regional. El plan Hidrológico de la cuenca del Tajo definió un perímetro de protección que abarca toda la extensión del acuífero dentro de la Comunidad de Madrid. En este contorno se reservan los recursos hídricos para el abastecimiento de agua que gestiona, mediante una serie de campo de pozos profundos, el Canal de Isabel II.
Dentro de este perímetro se prohíbe la perforación de pozos de más de 200 metros de profundidad y se ponen otras condiciones para garantizar la calidad del agua, todo ello como acopio de recursos de agua dulce disponibles para el CYII. Son varias decenas de miles de hm3 las que almacena este acuífero.
Por comparación, la capacidad de todos los embalses que gestiona el CYII es de unos 900 hm3 (o su equivalente Mm3). Las características de los parámetros hidráulicos del acuífero no permiten extraer de un sondeo grandes volúmenes de agua sostenidos en el tiempo. Por ejemplo un sondeo de 700-800 m de profundidad en este acuífero puede suministrar unos 80 L/s durante una serie corta de años, mientras que un sencillo sondeo de 100 m de profundidad en el acuífero “23”, puede proporcionar ese mismo caudal permanentemente.
A pesar de que el acuífero es poco vulnerable a la contaminación, puede verse amenazado a través de fuentes puntuales tales como sondeos abandonados (objeto de vertidos incontrolados), fugas de tanques y depósitos de hidrocarburos, vertidos industriales profundos, etc.
Dada las particulares características del acuífero es muy recomendable llegar cuanto antes a un mínimo de buenas prácticas constructivas de pozos profundos, para evitar el abandono de perforaciones mal diseñadas, poco eficientes, que al final se convierten en fuentes contaminantes. Si bien el acuífero está lejos de lo que el texto refundido de la ley de Aguas en el Art. 56 considera como acuífero sobreexplotado, se considera muy conveniente constituir la Comunidad de Usuarios del ATDM. Si Madrid es nombrada sede olímpica para el 2016, este gran acuífero será una garantía extra en caso de sequía.