En 1983 alcanzó la categoría de profesor titular y, dos años más tarde, obtuvo la cátedra, ejercicio que compatibilizó con sus actividades como decano, entre 1984 y 1989. Entre 1985 y 2001 ejerció la docencia en el Departamento de Patología Animal de la Facultad de Veterinaria de la Universidad de Zaragoza.
En el seno del Consejo de Universidades, Badiola ocupó, entre otros cargos, los de vicepresidente académico, en 1997; presidente de la Comisión de Centros, Estudiantes y Normativa General, entre 1997 y 2000, y coordinador del Grupo de Ciencias de la Salud, entre 1999 y 2000.
A lo largo de su carrera, ha participado en numerosos comités científicos y ha destacado su labor en la investigación de la enfermedad de las "vacas locas". Su tarea al frente de estas investigaciones llevó al gobierno a nombrarle miembro del Grupo Asesor de la Dirección de Investigaciones de la Comisión Europea en materia de investigación sobre encefalopatías espongiformes transmisibles. Ahora otra enfermedad de origen animal amenaza con convertirse en una pandemia: la gripe porcina. Pueden preguntar sus dudas sobre la enfermedad, formas de contagio, etc. a este prestigioso especialista.