El presidente del grupo Santander afirmó ante el Juzgado de Instrucción número 47 de Madrid "
desconocer" cómo se gestó la operación de compra del 45,3% de Aguas de Fuensanta, empresa vinculada a la familia de
Rodrigo Rato, por la que Banesto pagó 6 millones de euros en 1999.
Emilio Botín declaró ante el juez José Sierra como imputado dentro de la causa que investiga dicha operación. Botín contestó a preguntas del juez y del fiscal que la operación fue "cosa de Banesto".
Botín declaró que su relación con Rodrigo Rato en 1999 era tan sólo "institucional" y estaba motivada por su entonces cargo de Ministro de Economía y Hacienda y vicepresidente del Gobierno de José María Aznar. El ejecutivo se negó a contestar las preguntas de la acusación particular.