Eduardo Álvarez fue el único condenado en el juicio celebrado en 2004

Una vez fue destapada la trama de Pérez Díaz, el Banco Popular procedió a resarcir a los clientes perjudicados a la vez que se inició un proceso judicial en el que fueron imputados varios colaboradores del principal acusado. En su informe provisional, el fiscal pidió para Pérez Díaz 22 años de cárcel por delitos de falsedad documental, estafa y aprociacion indebida, y cuatro para su esposa por apropiación.

En el juicio, celebrado el 26 de noviembre de 2004 en la Audiencia Provincial de Cantabria, se condenó al empresario Eduardo Álvarez Álvarez a cinco años de cárcel por un delito continuado de apropiación indebida. Álvarez era el administrador de un conglomerado de empresas a través de las que Pérez Díaz realizaba sus fraudes y el tribunal lo consideró un "colaborador necesario" sin el cual Pepe no podría haber llevado a cabo su estafa. Además tuvo que indemnizar con 3.735.992 euros más intereses al Banco Popular, al que tuvo que abonar también las cantidades que la entidad acreditara haber pagado a los perjudicados hasta un límite de 7.515.314 euros. Los otros siete acusados fueron absueltos.

La sentencia consideró "probada" la existencia de una "banca paralela" en la oficina 1 del Banco Popular que dirigió José Pérez Díaz entre 1984 y 1991. Según los magistrados, desde 1986, el principal imputado omitió de la contabilidad de la entidad "al menos" unos depósitos de pasivo por valor de 4.600 millones de pesetas que utilizó "para otros fines".

El tribunal señaló que "todas las pruebas" indicaban a que Pérez Díaz era el "autentico artífice" de los hechos juzgados. En cuanto a los otros siete acusados absueltos, que fueron José Ch, Rosa C.A., Javier O., Bernardino S.L., José Ramón C.P. y la esposa de Eduardo A.A, Esperanza, P.C., el tribunal determinó no se podía acreditar de forma demostrada su implicación. José Luis A.M también fue absuelto de la pena de ocho años que le reclamaba el Banco Popular, aunque durante el juicio ya se había anunciado la prescripción del delito que se le imputaba.

Años después, el 8 de septiembre de 2006, el Tribunal Supremo rebajó a un año de prisión menor la condena al empresario Eduardo Álvarez ya que se admitió parcialmente el recurso de casación por quebrantamiento de forma e infracción de ley interpuesto por el condenado contra la sentencia dictada por la Audiencia cántabra en el año 2004, que quedó así anulada por la del Tribunal Supremo.