El informe de la Comisión para investigar los servicios militares y policiales de inteligencia y la intromisión de la CIA en ellos ha sido calificado por una prestigiosa especialista en temas militares como ingenuo, ligero y falto de rigurosidad, pues repite mucho de lo ya conocido y hasta reseñado antes por los medios de comunicación; no entrega pruebas, sino meras insinuaciones, y tampoco señala a supuestos responsables en el caso del bombardeo colombiano de Angostura, aunque se refiere a malos manejos y destrucción de evidencias judiciales, ocultamiento de información, contactos sin autorización superior con redes de inteligencia extranjeras…
El informe concluye con la rara figura de que "existen 'indicios sugerentes' de que el ataque de las Fuerzas regulares de Colombia a Fuerzas irregulares colombianas en territorio ecuatoriano se hizo con base en una operación combinada entre Colombia y EEUU, con la participación de una red de inteligencia extranjera operando en el Ecuador…". Los hechos investigados antes tampoco aportan con evidencias ni presumibles responsabilidades.
En la reforma a los sistemas de inteligencia, el informe recomienda que la conducción política de estos se ponga bajo la dependencia de la Presidencia de la República. Dada las condiciones de la realidad política nacional, la dependencia propuesta lleva el riesgo de confundir los intereses de los servicios profesionales de inteligencia policial y estatal con los del Gobierno de turno.
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