El 10 de septiembre, José Luis Rodríguez Zapatero y Esperanza Aguirre pactaron la gestión conjunta de los servicios de Cercanías a su paso por la región, tras una reunión de dos horas.
En abril, la presidenta de la Comunidad, Esperanza Aguirre, comenzó a reclamar el traspaso de los servicios de Cercanías al Gobierno regional. Además de pedir las competencias, el viceconsejero de Transportes, Luis Armada, pidió la construcción de 20 nuevas estaciones de Cercanías para dar servicio a los nuevos desarrollos urbanísticos de Madrid y paliar la saturación de la línea de Aranjuez.

En julio, la portavoz adjunta del PSM en la Asamblea, Matilde Fernández, anunció que apoyaría al Gobierno de Aguirre en esta pretensión, ya que el traspaso de las Cercanías estaba recogido en el programa electoral que el PSM-PSOE presentó a las elecciones de mayo. Por su parte, su compañero de filas José Quintana condicionó acto seguido el traspaso a que resultara "beneficioso" para la región.
Aguirre anunció el 17 de ese mismo mes que el Gobierno de la Comunidad pediría oficialmente al Gobierno participar en la gestión de Cercanías. También explicó que "sería interesante compartir la gestión del Aeropuerto de Barajas, así como colaborar" en la construcción de carreteras en la región, como la R-1 y el cierre de la M-50. Ante las objeciones de la ministra de,Administraciones Públicas, Elena Salgado, acerca de que el Estatuto de Autonomía de Madrid no reconnoce esa petición, Aguirre aclaró que lo que reclamaba la Comunidad era "participar en la gestión de los ferrocarriles de Cercanías" y que "otra cosa eran las transferencias, que pediremos en su momento".

El 10 de septiembre, Aguirre se convirtió en la primera presidenta regional que recibió el presidente del Gobierno, José Luis Rodríguez Zapatero, tras el paréntesis vacacional. Tras esa reunión, se aclaró que Madrid pasaría a tener participación en la gestión de los trenes de Cercanías que pasaran por su territorio, así como en la del aeropuerto de Barajas. Aguirre explicó que el Gobierno central no tenía previsto ceder a las autonomías las competencias de Cercanías.
Además, asumiría la M-40 con una inversión estatal de 400 millones de euros para acometer "todas las obras" de enlaces y ensanches que "necesita" esta carretera de circunvalación.

Poco después de la reunión, Aguirre manifestó su voluntad de que el 1 de enero de 2008 se hubiera traspasado la M-40 y estuviera en marcha la gestión compartida de Cercanías y Barajas. Así lo recogía el proyecto para el convenio de colaboración con Fomento en transportes, que aprobó el Consejo de Gobierno y en el que se reclamaba al Estado una inversión de 2.050 millones en infraestructuras para 2008.
Construcción de la R-1
El Ministerio de Fomento licitó por las mismas fechas la concesión para la construcción y explotación de la autopista R-1 desde el enlace de la M-12 con la R-2 y la variante de El Molar, en el tramo M-40-Santo Tomé del Puerto (primera fase). El presupuesto asciende a 210.848.000 euros. Este concurso supone la concesión durante 38 años de la quinta autopista radial que licita Fomento. Las grandes constructoras (Sacyr, FCC, ACS, OHL, Acciona y Ferrovial) manifestaron su interés por optar a la concesión.